通过偏相关分析从 SHAPE-MaP 识别 RNA 接触
定量方法
2014-12-12 v1 生物大分子
摘要
在最近的一篇论文中，Siegfried 等人发表了一种新的基于序列的结构 RNA 检测方法，该方法利用突变谱分析来检测碱基配对 (MaP)。MaP 的输出提供了关于配对（通过反应性）和接触（通过相关性）的信息。反应性可以与配分函数折叠模型耦合以进行结构推断，而相关性可以揭示可能在结构上接近的位点对。通过 MaP 推断 3D 接触的可能性提出了一种类似于蛋白质协方差结构预测的 RNA 结构预测新方法。我们探索了这种方法，并表明偏相关分析优于朴素相关分析。我们的结果应适用于正在开发的广泛基于高通量测序的 RNA 结构检测方法。
引用
@article{arxiv.1412.3800,
title = {Identifying RNA contacts from SHAPE-MaP by partial correlation analysis},
author = {Akshay Tambe and Jennifer Doudna and Lior Pachter},
journal= {arXiv preprint arXiv:1412.3800},
year = {2014}
}