RNA 结构在靶向 5'和 3'UTR 的单链 RNA 结合蛋白间产生天然协同性
生物大分子
2015-01-26 v1
摘要
在转录后调控中，mRNA 分子被多种蛋白质和/或 miRNA 结合以调节其功能。为实现组合式基因调控，这些 RNA 结合伙伴必须相互沟通，表现出协同性。即使在结合伙伴之间不存在直接物理相互作用的情况下，这种协同性也可以通过 RNA 二级结构介导，因为它们会影响结合位点的可及性。在此，我们提出了一种针对任意 RNA 序列可进行数值计算的结构介导协同性的定量度量。聚焦于具有两个结合位点的 RNA，我们推导出了自由能差的特征差值，即，作为衡量一个结合位点的占据情况对另一个结合位点结合强度影响的指标。我们将该指标应用于大量人类和秀丽隐杆线虫（C. elegans）的 mRNA，发现结构介导的协同性是一个普遍特征。有趣的是，这种协同性不仅影响序列上邻近的结合位点，还影响一个结合位点位于 mRNA 5'UTR 而另一个位于 3'UTR 的构型。此外，我们发现这种端到端的协同性由 UTR 序列决定，而编码区的序列则无关紧要。
引用
@article{arxiv.1410.5319,
title = {RNA structure generates natural cooperativity between single-stranded RNA binding proteins targeting 5' and 3'UTRs},
author = {Yi-Hsuan Lin and Ralf Bundschuh},
journal= {arXiv preprint arXiv:1410.5319},
year = {2015}
}
备注
10 pages, 12 figures