力诱导的RNA去折叠
软凝聚态物质
2009-11-07 v2 生物大分子
摘要
我们定量描述了一个RNA分子在两端受到外力作用时的行为，如同典型的单分子实验。我们的计算通过使用实验确定的RNA二级结构自由能规则来纳入核苷酸之间的相互作用，并将外部单链区域的聚合物性质明确地建模为弹性自由连接链。我们发现，尽管二级结构复杂，力-伸长曲线在准平衡状态下通常是平滑的。我们识别并表征了两种依赖于序列/结构的机制，除了外部单链区域与序列无关的熵弹性外，它们共同导致了这种平滑性。这些机制分别涉及外力同时作用的不同结构元件之间的补偿，以及次优结构的贡献。我们估计了在非平衡状态下记录的力-伸长曲线（其中拉动速度快于分子二级结构重排）原则上可以显示多少特征。我们的软件通过“RNA-pulling server”向公众开放。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0101250,
title = {Force-induced denaturation of RNA},
author = {Ulrich Gerland and Ralf Bundschuh and Terence Hwa},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0101250},
year = {2009}
}
备注
final version (with a few minor changes) as will be published in Biophysical Journal