利用光镊研究 RNA 的力展开动力学。II. 实验建模
生物物理
2012-08-27 v1 软凝聚态物质
统计力学
生物大分子
摘要
通过施加机械力，可以逐个展开/折叠 RNA 分子。在较小的力范围内，RNA 分子可以在折叠态和展开态之间跳跃，其动力学速率依赖于力。在此，我们引入一个介观模型来分析光镊装置中 RNA 发夹结构的跳跃动力学。该模型包含了实验装置的不同要素（微球、手柄和 RNA 序列）以及仪器的局限性（力反馈机制的时间滞后和数据采集的有限带宽）。我们研究了仪器对测量到的跳跃速率的影响。模型结果与 companion article (1) 中报告的实验吻合良好。理论与实验的比较使我们能够推断仅针对 RNA 发夹结构的内禀分子速率值，并寻找进行测量的最佳实验条件。我们得出结论，长手柄和软激光阱是提取最接近内禀分子速率的速率估计值的最佳条件。此处提出的方法和原理可应用于其他实验装置和其他分子。
引用
@article{arxiv.0707.0662,
title = {Force unfolding kinetics of RNA using optical tweezers. II. Modeling experiments},
author = {M. Manosas and J. -D. Wen and P. T. X. Li and S. B. Smith and C. Bustamante and I. Tinoco, and F. Ritort},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.0662},
year = {2012}
}
备注
PDF file, 32 pages including 9 figures plus supplementary material