机械探测单 RNA 分子的折叠路径
软凝聚态物质
2009-11-07 v2 生物大分子
摘要
我们从理论上研究了通过机械拉伸使单 RNA 分子变性，重点关注分子涨落中的（解）折叠路径特征。我们的模型通过结合实验测定的 RNA 二级结构自由能规则来描述核苷酸之间的相互作用，而外部单链区域则被建模为自由连接链。对于示例性 RNA 序列（发夹和 Tetrahymena thermophila I 型内含子），我们计算了通过在相反两端拉动使分子解折叠时的端到端距离准平衡涨落。与平均准平衡力-延伸曲线不同，这些涨落揭示了单个结构元素解折叠的清晰特征。我们发现这些特征的分辨率取决于力测量装置的弹簧常数，其最佳值介于非常硬和非常软之间。我们将我们的结果与 Liphardt 等人 [Science 292, 733-737 (2001)] 的近期实验进行了比较和关联。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0208202,
title = {Mechanically probing the folding pathway of single RNA molecules},
author = {Ulrich Gerland and Ralf Bundschuh and Terence Hwa},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0208202},
year = {2009}
}
备注
10 pages, 8 figures, revised version, to be published in Biophys. J