RNA 碱基散开机制：基于核心集马尔可夫状态模型的分子动力学模拟分析
计算物理
2019-04-22 v2 统计力学
生物物理
化学物理
生物大分子
摘要
RNA 碱基散开过程（即螺旋末端的瞬时打开）涉及 RNA 动力学的诸多方面。本文利用分子动力学模拟与马尔可夫状态模型来表征 RNA 散开的动力学及其序列与方向依赖性。具体而言，我们首先引入一种采用基于先进聚类技术构建的核心集马尔可夫状态模型来确定生物分子动力学的方法。该方法在先前报道的模拟中得到验证。随后我们使用该方法分析四条不同 RNA 模型双链的大量轨迹。详细比较并讨论了使用 D. E. Shaw research 与 AMBER 力场所得结果，显示出中间态稳定性与整体散开动力学之间非平凡的相互作用。
引用
@article{arxiv.1811.12144,
title = {The mechanism of RNA base fraying: molecular dynamics simulations analyzed with core-set Markov state models},
author = {Giovanni Pinamonti and Fabian Paul and Frank Noé and Alex Rodriguez and Giovanni Bussi},
journal= {arXiv preprint arXiv:1811.12144},
year = {2019}
}
备注
Supporting information included in ancillary files