基于能量依赖适应度模型的RNA宏观进化大规模模拟
种群与进化
2009-12-14 v1 生物大分子
摘要
模拟核苷酸序列广泛应用于理论和实证分子进化研究。传统模拟器通常使用固定参数的时间齐次马尔可夫模型进行序列进化。在这项工作中，我们使用RNA二级结构的折叠自由能作为其表型适应度的代理，并通过突变-选择群体遗传学模型模拟RNA宏观进化。由于两步过程以RNA及其突变系综为条件，我们不再有全局替换矩阵，也不显式假设该非齐次随机过程的任何矩阵。在介绍RNA进化基础模型后，我们概述了启发式实现算法及若干模型改进。然后讨论了模型参数的校准，并证明在简约法和似然法系统发育重建中，我们的模拟器rnasim生成的序列比两个标准模拟器ROSE和Seq-Gen生成的序列具有更高的统计复杂性，且接近经验序列。
引用
@article{arxiv.0912.2326,
title = {Large-scale simulation of RNA macroevolution by an energy-dependent fitness model},
author = {Sheng Guo and Li-San Wang and Junhyong Kim},
journal= {arXiv preprint arXiv:0912.2326},
year = {2009}
}