RNA 二级结构对能量模型的依赖性

我们分析了一个微观 RNA 模型，该模型包含两个广泛使用的模型作为极限情况，即它包含键能和堆积能项。我们数值研究了从一个模型到另一个模型时定性和定量行为的可能变化；特别是，我们测试了当从一个模型连续移动到另一个模型时，是否发生转变。为此，我们计算了各种热力学量，包括在零温度和有限温度下的。所有计算都可以通过动态规划算法在多项式时间内有效完成。我们没有发现模型之间存在转变的迹象，但描述所有模型中向有序低温相相变的关联长度的临界指数 $\nu$ 似乎连续依赖于模型。最后，我们应用 epsilon-Coupling 方法来研究低激发。描述激发能量标度的指数 $\theta$ 似乎对能量模型依赖不大。