RNA二级结构的基态与玻璃化转变
生物大分子
2009-11-13 v1 无序系统与神经网络
摘要
RNA分子在低温下形成序列特异性的自配对模式。我们使用随机配对能量模型以及包含有利于螺旋延伸的碱基堆叠能量的随机序列模型来分析此问题。将一条链分裂为两等份的自由能代价提供了序列特异性配对的定量度量。在低温玻璃相中，该量随链长的对数二次增长，但在高温熔融相中切换为具熵起源的线性行为。两相间的转变是连续的，其特征类似于二维无序弹性 manifold。然而对于设计序列，在粗粒化水平上配对能量的幂律分布可能更合适。极值统计论点进而预测断裂链的自由能代价呈幂律增长，与数值模拟一致。有趣的是，基态二级结构中配对距离的分布遵循显著的幂律，指数为-4/3，与碱基配对能量的具体假设无关。
引用
@article{arxiv.q-bio/0608020,
title = {Ground state and glass transition of the RNA secondary structure},
author = {Sheng Hui and Lei-Han Tang},
journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0608020},
year = {2009}
}