通过磷酸骨架振动激发探测RNA熔解时水合模式的变化
化学物理
2020-03-02 v1
摘要
水合壳层对RNA的结构与功能性质具有决定性影响。RNA在熔解及生化过程中的结构变化伴随水合模式的改变，而这一过程鲜有表征。为在分子水平上辨识RNA双螺旋骨架磷酸基团周围的水合几何构型，我们结合磷酸振动的二维红外光谱与理论模拟。RNA A-螺旋存在三种不同的共存水合 motif：相邻磷酸基团间有连接的链状有序水分子排列、最多六个水分子的独立局域水合壳层，以及水合磷酸/反离子接触对。RNA熔解时的无序化与从主导的有序水结构向磷酸单元周围局域水合壳层的转变相关。结构涨落由发生于300 fs时间尺度的水分子转动运动主导，水合 motif 之间无交换。
引用
@article{arxiv.2002.12070,
title = {Change of Hydration Patterns upon RNA Melting Probed by Excitations of Phosphate Backbone Vibrations},
author = {Achintya Kundu and Jakob Schauss and Benjamin P. Fingerhut and Thomas Elsaesser},
journal= {arXiv preprint arXiv:2002.12070},
year = {2020}
}