涨落力下单 RNA 时间序列的贝叶斯分析
软凝聚态物质
2007-10-05 v1 统计力学
生物大分子
摘要
从单分子动力学数据中提取生物分子的内在动力学信息具有重要的生物物理意义。本文理论上研究了在光镊实验中，通过受迫折叠/解折叠实验获得的时间序列推断单 RNA 内在动力学参数的可行性；实验中分子两侧连接有长双链 DNA/RNA 手柄，并系综于两个大微球之间。我们首先构建了该实验系统的粗粒化物理模型，该模型捕捉了主要物理因素：微球的布朗运动、分子结构跃迁以及手柄和 RNA 的弹性。随后，基于模型的解析解，提出了一种利用马尔可夫链蒙特卡洛（Monte Carlo Markov Chain）的贝叶斯方法，从含噪声的距离或力时间序列中推断 RNA 的内在动力学参数。由于微球布朗运动和结构跃迁引起的力涨落会显著调制 RNA 的跃迁速率，我们证明该统计方法在推断分子内在参数方面比传统的直方图拟合法更准确、更高效。
引用
@article{arxiv.0710.0923,
title = {Bayesian analysis of time series of single RNA under fluctuating force},
author = {Fei Liu and Zhong-can Ou-Yang},
journal= {arXiv preprint arXiv:0710.0923},
year = {2007}
}
备注
3 figures