演化动力学与优化：中性网络作为RNA次级结构折叠景观的模型

我们将RNA序列的折叠视为一种将基序对模式分配给每个序列的映射，称为次级结构。这些原像可以构建为随机图（即与结构s相关的中性网络）。通过将次级结构解释为生物信息，我们可以将其视为Eigen等人的误差阈值概念的延伸——即在单峰景观中的误差阈值概念。类似于Derrida & Peliti的方法，对种群驻留于中性网络。单峰景观模型允许推导解析结果，同时该概念也能够通过仿真来研究各种情景，例如两种不同网络的相互作用。结果表明，两种兼容序列集合的交集（就次级结构的配对而言）在寻找“更优”次级结构方面发挥关键作用。