蛋白质折叠路径的网络结构
生物大分子
2007-05-23 v1 分子网络
摘要
受统计力学启发的经典蛋白质折叠方法通过使用有效坐标避开了构象空间的高维结构。此处我们引入一种网络方法来捕捉构象空间结构的统计特性。构象被表示为网络的节点，而连边则是通过绕化学键的基本旋转实现的跃迁。多肽链的自回避性在构象网络中引入了度相关性，进而导致能量景观相关性。折叠可被解释为构象网络上的有偏随机游走。我们表明，沿能量梯度的折叠路径会组织成无标度网络，从而解释了此前通过分子动力学模拟所做的观察。我们还表明，这些能量景观相关性对于恢复观测到的连通性指数至关重要，该指数属于不同于随机能量模型的普适类。此外，我们预测指数乃至折叠网络的结构在高温下会发生根本性变化，这一点已通过我们对 AK 肽的模拟得到验证。
引用
@article{arxiv.0705.0912,
title = {Network Structure of Protein Folding Pathways},
author = {Erzsebet Ravasz and S. Gnanakaran and Zoltan Toroczkai},
journal= {arXiv preprint arXiv:0705.0912},
year = {2007}
}
评论
15 pages, 4 figures