蛋白质接触网络的静态与动态特性

蛋白质折叠背后的原理仍然是自然界的一个谜题，对生命具有重要的实际意义。自20世纪90年代末以来，一种日益受到关注的方法是通过复杂网络分析的视角来审视蛋白质异聚物及其折叠过程。因此，现在有大量实证研究通过蛋白质接触网络描述蛋白质大分子的拓扑特征，并将这些拓扑特征与蛋白质折叠联系起来。本文主要是对这一丰富领域的综述。但它更深入地探讨了某些方面，强调了短程和长程连接，并指出了“幂律”可能隐藏在蛋白质接触网络中的非常规位置。此外，它还考虑了蛋白质接触网络的动态观点。这种对蛋白质接触网络的更仔细审视提出了新的研究问题，并识别出新的规律性，这些规律性可能有助于参数化一种网络方法来研究蛋白质折叠。对此类模型的初步实验证实，我们识别的规律性不能轻易通过随机效应重现。实际上，蛋白质折叠的巨大挑战是阐明那些不仅产生蛋白质接触网络特定且多样的连接模式，而且还能重现蛋白质折叠时动态行为的过程。