蛋白质相互作用网络的拓扑建模

生物学中的一个主要问题是理解蛋白质之间的相互作用。这些相互作用可以用网络来描述，其中蛋白质由节点建模，相互作用由边建模。这些蛋白质网络的起源尚不十分清楚。在这里，我们提出了一个两步模型，该模型生成的簇具有与蛋白质-蛋白质相互作用网络相同的拓扑性质，即相同的度分布、簇大小分布、聚类系数和最短路径长度。生物网络和模型网络都不是无标度的，但表现出小世界特征。该模型允许通过调整单个参数来拟合不同的生物系统。