网络比对拓扑一致性的评估
分子网络
2020-10-12 v1
摘要
比对两个或多个生物体的蛋白质相互作用网络（PPI）在于寻找网络节点（蛋白质）的映射，以捕捉重要的结构与功能关联（相似性）。这是一个被广泛研究但困难的问题。在某些情形下它被证明是 NP 难的，因此计算代价极高。该问题有多种版本：全局比对 versus 局部比对；两两比对 versus 多重比对；一对一比对 versus 多对多比对。解决各问题实例的启发式方法层出不穷，当以节点和/或边的保留程度衡量时取得了一定成功。然而，随着所考虑生物体间进化距离增大，结果往往退化。此外，当所考虑网络在节点和/或边数量上规模差异显著时，性能表现很差。本文致力于分析和比较寻求一对一映射时的不同全局网络比对方法。我们考虑并提出了多种度量来评估现有方法所得比对之间的一致性。我们表明，某些此类度量所指示的一致性往往与随机所得大致相同。即便映射基于标准度量表现出良好性能，这种情况也时有发生。
引用
@article{arxiv.2010.04530,
title = {Evaluation of the Topological Agreement of Network Alignments},
author = {Concettina Guerra and Pietro Hiram Guzzi},
journal= {arXiv preprint arXiv:2010.04530},
year = {2020}
}