通过图匹配方法进行蛋白质-蛋白质相互作用网络的全局比对
最优化与控制
2009-05-08 v1 组合数学
分子网络
定量方法
摘要
对不同物种的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络进行比对近来引起了相当大的兴趣。该问题对于研究跨物种的进化保守通路或蛋白质复合物，以及通过检测保守相互作用来帮助识别功能直系同源物非常重要。然而，这是一个困难的组合问题，迄今为止仅提出了启发式方法。我们将PPI比对重新表述为一个图匹配问题，并研究最先进的图匹配算法如何用于此目的。我们区分了两种比对问题，取决于是否基于序列相似性对蛋白质匹配施加严格约束，或者目标是否是在比对中寻找序列相似性与相互作用保守性之间的最优折衷。我们为这两种情况提出了新方法，并在酵母和果蝇PPI网络的比对中评估了它们的性能。新方法始终优于最先进的算法，特别是在给定的序列相似性水平下，比IsoRank多检索到78%的保守相互作用。可用性：http://cbio.ensmp.fr/proj/graphm_ppi/，额外数据和代码可根据要求提供。联系方式：[email protected]
引用
@article{arxiv.0905.1106,
title = {Global alignment of protein-protein interaction networks by graph matching methods},
author = {Mikhail Zaslavskiy and Francis Bach and Jean-Philippe Vert},
journal= {arXiv preprint arXiv:0905.1106},
year = {2009}
}
备注
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