生物网络建模的整合方法
分子网络
2010-04-22 v2
摘要
由于蛋白质通过与其他蛋白质相互作用来执行生物过程，分析蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的结构可以解释复杂的生物机制、进化和疾病。类似地，研究蛋白质结构网络，即残基相互作用图（RIG），可能为蛋白质折叠、稳定性和功能提供见解。理解这些网络的第一步是找到一个能够紧密复制其结构的合适网络模型。评估模型对数据的拟合度需要将模型与现实网络进行比较。由于网络比较在计算上不可行，因此依赖于启发式方法或“网络属性”。我们表明，用任何单一网络属性来评估模型拟合的可靠性都很困难。因此，我们的方法整合了多种网络属性，并进一步将这些属性与一系列概率方法相结合，以预测生物网络的合适网络模型。我们发现，模拟对象间空间关系的几何随机图是RIG的最佳拟合模型。这验证了我们方法的正确性，因为先前已证明RIG是几何的。我们将我们的方法应用于有噪声的PPI网络，并证明其结构也与几何随机图一致。
引用
@article{arxiv.0906.0125,
title = {An integrative approach to modeling biological networks},
author = {Vesna Memisevic and Tijana Milenkovic and Natasa Przulj},
journal= {arXiv preprint arXiv:0906.0125},
year = {2010}
}
备注
10 pages, 3 tables, 4 figures