代谢与蛋白质-蛋白质相互作用网络性质的全面统计研究
分子网络
2019-08-29 v2 应用统计
摘要
理解支撑生物系统的图的数学性质可对这些结构背后的演化机制提供线索。在本文中，我们对代表代谢和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的数千个图进行了完整的统计分析。首先，我们研究了节点度分布对幂律函数的拟合质量。该分析表明，除 PPI 网络远右尾的情况外，幂律分布对数据的描述很差。接下来我们获取主要图参数的描述性统计，并尝试识别若网络通过以相同度分布随机连接节点构建时偏离预期值的性质。该调查识别出生物网络中不仅由其度分布导致、而且由驱动这些分布的机制以外的尚未识别机制所涌现的性质。研究结果表明，虽然 PPI 网络的性质与其随机化版本中的预期值存在统计显著性很大的差异，但代谢网络的差异统计显著性较小，尽管仍可能识别出某些偏移。
引用
@article{arxiv.1712.07683,
title = {A comprehensive statistical study of metabolic and protein-protein interaction network properties},
author = {D. Gamermann and J. Triana and R. Jaime},
journal= {arXiv preprint arXiv:1712.07683},
year = {2019}
}
备注
13 pages, 4 figures, 9 tables