基于蛋白质相互作用网络的蛋白质复合物预测计算方法综述

物理相互作用的蛋白质复合物是驱动细胞内关键生物机制的基本功能单元之一。因此，识别这些复合物对于理解复合物形成以及细胞的更高层次组织都是必要的。随着分子生物学高通量技术的出现，大量来自酵母等生物的物理相互作用数据已被编目，这反过来推动了从蛋白质物理相互作用网络（PPI 网络）中系统挖掘复合物的计算方法的发展。在本综述中，我们回顾、分类并评估了迄今为止开发的用于从 PPI 网络识别蛋白质复合物的一些关键计算方法。我们提出了两个富有洞察力的分类体系，反映了这些方法多年来为提高自动化复合物预测所经历的演变。我们还讨论了准确重构复合物所面临的一些开放性挑战，其中最关键的是当前高通量数据集中存在高比例的错误和噪声，以及当前复合物检测方法忽略的一些关键方面。我们希望本综述不仅有助于浓缩计算复合物检测的历史以便于参考，还能为推动该领域的进一步研究提供有价值的见解。