基于统计力学的 unfolded protein response 跨生物体研究
生物物理
2025-02-06 v1 统计力学
摘要
生命系统依赖于协调的分子相互作用，尤其是与基因表达和蛋白质活性相关的相互作用。未展开蛋白质反应是原始细胞中重要机制，当未展开蛋白质超过临界阈值时即被激活。它通过增强蛋白质折叠、启动质量控制以及在损坏不可逆时激活降解通路来维持细胞稳态。该反应作为动态信号网络发挥作用，蛋白质作为节点，其相互作用作为边缘。我们分析了来自不同生物体的蛋白质-蛋白质网络，以理解其复杂的细胞内相互作用和行为。在本研究中，我们分析了十二种生物体，评估基本网络理论度量如何在生物体之间识别种子蛋白质和特定通路。我们采用网络鲁棒性来评估和比较所调查的PPI网络强度，并使用复杂网络的结构可控性来查找并比较控制整个网络所需的驱动节点集合。我们发现，网络度量与系统发育树相关，先进的网络方法可识别 Unfolded Protein Response 机制中具有意义的主要通路。
引用
@article{arxiv.2407.12464,
title = {A statistical mechanics investigation of Unfolded Protein Response across organisms},
author = {Nicole Luchetti and Keith M. Smith and Margherita A. G. Matarrese and Alessandro Loppini and Simonetta Filippi and Letizia Chiodo},
journal= {arXiv preprint arXiv:2407.12464},
year = {2025}
}