控制蛋白质-蛋白质相互作用网络中不可或缺节点的鲁棒性
计算物理
2016-09-12 v1 分子网络
摘要
近期，结构可控性理论被引入用于分析蛋白质-蛋白质相互作用 (PPI) 网络。在 PPI 网络中，发现不可或缺的节点对控制网络至关重要，移除这些节点会增加控制网络所需的驱动节点数量。然而，PPI 网络远未达到完整状态，可能存在许多假阳性或假阴性相互作用，这促使我们提出疑问：这些不可或缺的节点对结构变化是否具有鲁棒性？在此，我们通过移除和添加可能的相互作用，系统地研究了 PPI 网络中不可或缺节点的鲁棒性。我们发现不可或缺节点对结构变化很敏感，极少数边即可改变许多不可或缺节点的类型。这一发现可能促进我们对 PPI 网络控制原理的理解。
关键词
引用
@article{arxiv.1609.02637,
title = {Robustness of indispensable nodes in controlling protein-protein interaction network},
author = {Xizhe Zhang and Huaizhen Wang and Yunyi Yang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1609.02637},
year = {2016}
}