蛋白质-蛋白质相互作用网络的比对

PPI（蛋白质-蛋白质相互作用）网络比对旨在发现不同物种网络之间的拓扑与功能相似性。已有多种比对方法被提出。这些方法各自依赖不同的比对算法，并在比对过程中使用不同的生物信息，如网络的拓扑结构以及蛋白质之间的序列相似性，但其中较少整合蛋白质之间的功能相似性。在此背景下，我们提出算法PPINA（Protein-Protein Interaction Network Aligner，蛋白质-蛋白质相互作用网络比对器），其为NETAL算法的扩展。后者基于蛋白质的序列、功能与网络拓扑相似性比对两个网络。PPINA已在真实PPI网络上测试。结果表明，PPINA优于其他比对算法，能够提供具有生物学意义的结果。