AligNet：蛋白质-蛋白质相互作用网络比对
分子网络
2019-02-20 v1
摘要
系统生物学中最困难的问题之一是发现蛋白质-蛋白质相互作用及其相关功能。作为描述蛋白质-蛋白质相互作用的标准模型，蛋白质-蛋白质相互作用网络（PPIN）的分析与比对已成为获取功能直系同源物以及进化保守通路和蛋白质复合物的关键要素。已有多种方法被提出以解决PPIN比对问题，旨在匹配保守子网络或功能相关蛋白质。然而，在任一PPIN比对算法中，考虑网络拓扑与生物信息之间的恰当平衡是最困难也是关键点之一，遗憾的是这仍未被解决。因此，在本文中我们提出AligNet，一种用于PPIN两两全局比对的新方法及软件工具，它通过实现结构匹配与蛋白质功能保守之间的良好平衡以及合理的运行时间，产生具有生物学意义的的比对，且比现有最优方法与工具计算更高效。
引用
@article{arxiv.1902.07107,
title = {AligNet: Alignment of Protein-Protein Interaction Networks},
author = {Ricardo Alberich and Adrià Alcala and Mercè Llabrés and Francesc Rosselló and Gabriel Valiente},
journal= {arXiv preprint arXiv:1902.07107},
year = {2019}
}
备注
30 pages, 11 figures