SPRINT：针对全人类互作组的超快蛋白质-蛋白质相互作用预测
生物大分子
2017-05-22 v1
摘要
蛋白质通常通过与其他蛋白质相互作用来执行其功能。预测哪些蛋白质会相互作用是一个基本问题。实验方法速度慢、昂贵且错误率高。已经提出了许多计算方法，其中基于序列的方法非常有前景。然而，到目前为止，没有此类方法能够有效预测全人类互作组：它们需要过多的时间或内存。我们提出了 SPRINT（Scoring PRotein INTeractions），一种新的基于序列的算法和工具，用于预测蛋白质-蛋白质相互作用。我们在七个最可靠的人类 PPI 数据集上将 SPRINT 与最先进的程序进行了全面比较，并表明它不仅准确率更高，而且运行速度快几个数量级，内存占用极少。SPRINT 是唯一能够预测全人类互作组的程序。我们的目标是将预测全人类互作组这一极具挑战性的问题转化为常规任务。SPRINT 的源代码可从 github.com/lucian-ilie/SPRINT/ 免费获取，数据集和预测的 PPI 可从 www.csd.uwo.ca/faculty/ilie/SPRINT/ 获取。
引用
@article{arxiv.1705.06848,
title = {SPRINT: Ultrafast protein-protein interaction prediction of the entire human interactome},
author = {Yiwei Li and Lucian Ilie},
journal= {arXiv preprint arXiv:1705.06848},
year = {2017}
}