从现存网络拓扑和复制历史重建网络进化历史
种群与进化
2012-03-13 v1 组合数学
分子网络
摘要
得益于生物技术的最新突破，全基因组蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）数据已易于获取。然而，现存生物的PPI网络只是网络进化的快照。如何推断整个进化历史成为计算生物学中的一个挑战性问题。在本文中，我们提出了一种基于似然的方法，从PPI网络的拓扑和旁系同源物之间的复制关系推断网络进化历史。模拟表明，我们的方法在重建准确性上优于现有方法。此外，我们的方法估计的几个真实PPI网络的增长参数与文献中预测的参数更为一致。
关键词
引用
@article{arxiv.1203.2430,
title = {Reconstruction of Network Evolutionary History from Extant Network Topology and Duplication History},
author = {Si Li and Kwok Pui Choi and Taoyang Wu and Louxin Zhang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1203.2430},
year = {2012}
}
备注
15 pages, 5 figures, submitted to ISBRA 2012