一类可从祖先谱重建的系统发育网络
组合数学
2021-01-01 v2
摘要
有根系统发育网络提供了对一组采样物种X的进化史的显式表示。与仅显示 speciation 事件的系统发育树不同，网络还能容纳网状过程（例如杂交进化、内共生和横向基因转移）。系统生物学的一个主要目标是推断进化关系，虽然系统发育树可由X上的各种简单组合数据唯一确定，但对于网络，重建问题要微妙得多。在此我们询问网络何时能由其“祖先谱”（从每个祖先顶点到X中每个元素的路径数）唯一重建。我们证明重建在（即使在所有网络类中）一类我们称为“果园网络”的网络上成立，并且我们提供了从祖先谱重建任何果园网络的多项式时间算法。我们的方法依赖于建立果园网络的一个结构定理，该定理也为测试任意给定网络是否为果园类型提供了快速（多项式时间）算法。由于果园网络类包含树兄弟树一致网络和子树子网络，我们的结果推广了2008年和2009年的重建结果。果园网络允许无界的网状顶点数k，相比之下树兄弟树一致网络和子树子网络的k分别至多2|X|-4和|X|-1。
引用
@article{arxiv.1901.04064,
title = {A class of phylogenetic networks reconstructable from ancestral profiles},
author = {Peter L. Erdos and Charles Semple and Mike Steel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1901.04064},
year = {2021}
}
备注
21 pages, 5 figures