树生子系统发育网络的比较

系统发育网络是系统发育树的推广，允许表示重组、杂交或侧向基因转移等非树状进化事件。本文提出并研究了一类新的系统发育网络，称为树生子系统发育网络，其中每个非现存物种都通过突变拥有某些后代。我们提供了这些网络作为自然数向量多重集（即路径多重性向量）的单射表示，并利用该表示定义了此类网络上的距离度量，以及给出了针对此类网络对的比对方法。据我们所知，它们分别是首个定义在严格扩展系统发育树类的有意义系统发育网络类上的真实距离度量和首个比对方法。我们提供了简单的多项式算法，用于从路径多重性向量重构树生子系统发育网络、计算两个树生子系统发育网络之间的距离，以及对一对树生子系统发育网络进行比对；这些算法已实现为 Perl 包和 Java applet，并可于 http://bioinfo.uib.es/~recerca/phylonetworks/mudistance 获取。