一种通过比对谱系分类单元串从树快速可扩展推断系统发育网络的方法

系统发育网络的重建是系统发育与基因组演化中一个重要但具挑战性的问题，因为系统发育网络的空间极为庞大且无法被良好采样。该问题的一个解决思路是最小系统发育网络问题，即先推断系统发育树，再计算能显示所有树的最小系统发育网络。该方法利用了系统发育树理论已成熟且已有优秀工具可从大量生物分子序列推断系统发育树这一事实。树子网络是一种满足每个非叶节点至少有一个入度为1的子节点的系统发育网络。在此，我们开发了一种通过比对系统发育树中的谱系分类单元串来推断最小树子网络的新方法。这一算法创新使我们绕过了现有系统发育网络推断程序的局限。我们的新程序名为ALTS，速度足够快，能在约一刻钟内为一组合计多达50棵、含50个分类单元且仅具平凡公共簇的系统发育树推断具有大量网状结构的树子网络。