杂交存在下系统发育网络计算方法进展
种群与进化
2018-08-28 v1
摘要
系统发育网络扩展了系统发育树，以允许对如杂交之类的网状进化过程建模。它们呈有根、有向、无环图的形式，当用进化参数（如分化时间与种群大小）参数化时，构成分子序列进化的生成过程。早期关于系统发育网络推断的计算方法的工作仅关注网状结构，并寻求具有最少网状数以拟合数据的网络。由于如不完全谱系分选（ILS）等过程可能与杂交同时发生，过去十年的工作已转向 ILS 存在下的系统发育网络推断计算方法。在如此短的时间内，开发和实现这类计算方法已取得显著进展。特别是，已设计出基于简约性、似然性和贝叶斯的方法，利用估计的基因树作为数据来估计系统发育网络及相关参数。这些推断方法的使用已辅以针对特定杂交假设（如 D-统计量）的统计检验。最近，直接从序列数据推断系统发育网络的贝叶斯方法被开发并实现。在本章中，我们综述此类进展，并讨论模型假设以及方法的优势与局限。我们还讨论群体遗传学界旨在推断类似结构的并行努力。最后，我们强调该领域未来研究的主要方向。
引用
@article{arxiv.1808.08662,
title = {Advances in Computational Methods for Phylogenetic Networks in the Presence of Hybridization},
author = {R. A. L. Elworth and H. A. Ogilvie and J. Zhu and L. Nakhleh},
journal= {arXiv preprint arXiv:1808.08662},
year = {2018}
}