无似然推断 phylogenetic tree posterior 分布
种群与进化
2026-02-19 v3 定量方法
摘要
系统发育推断，即重建序列如何从共同祖先演化的任务，是进化基因组学的核心目标。当前的方法主要利用沿系统发育树的序列演化概率模型，通过搜索最大化观察序列似然的树，或在贝叶斯框架下估计给定序列的树后验。两种方法通常需要计算似然值，这在序列各位置独立演化的简化假设下才可实现，而且即便如此，这仍是代价高昂的操作。本文提出了首个针对系统发育后验分布的无似然推断方法。它利用序列对的新型表达编码，以及分解随子树合并的可参数化概率分布。 resulting network 提供了经过校准的后验分布估计，使其在现有方法即便在可计算似然的模型下也能获得更准确的树拓扑。我们进一步表明，在序列演化模型难以计算似然值的模型下，其优势显著提升。
引用
@article{arxiv.2510.12976,
title = {Likelihood-free inference of phylogenetic tree posterior distributions},
author = {Luc Blassel and Noémie Sauvage and Pierre Barrat-Charlaix and Bastien Boussau and Nicolas Lartillot and Laurent Jacob},
journal= {arXiv preprint arXiv:2510.12976},
year = {2026}
}
备注
12 Pages, 3 figures