系统发育网络无需复杂：用更少的网状结构表示冲突的聚类
种群与进化
2009-10-19 v1
摘要
系统发育树广泛用于展示物种演化关系的估计。每个系统发育树可视为一组聚类（即从共同祖先演化而来的物种子群）的集合。当基于多个数据集（如不同基因）获得系统发育树时，其聚类往往相互矛盾，因此无法将所有聚类合并为单一系统发育树。系统发育网络是系统发育树的推广，可用于展示更复杂的演化历史，包括杂交、重组和水平基因转移等网状事件。本文提出新的CASS算法，可将任意聚类集合组合成系统发育网络。我们证明，CASS构建的网络通常比其他现有方法构建的网络更简单。此外，我们证明，只要存在这样的网络，CASS保证能生成每个双连通分量最多包含两个网状结构的网络。我们已实现CASS并将其集成到免费提供的Dendroscope软件中。
引用
@article{arxiv.0910.3082,
title = {Phylogenetic Networks Do not Need to Be Complex: Using Fewer Reticulations to Represent Conflicting Clusters},
author = {Leo van Iersel and Steven Kelk and Regula Rupp and Daniel Huson},
journal= {arXiv preprint arXiv:0910.3082},
year = {2009}
}