果园网络与树-子网络的生成
种群与进化
2023-08-01 v1
摘要
系统发育网络是系统发育树的扩展,允许表示网状进化事件。近年来引起科学界关注的一类网络是果园网络,它推广了树-子网络——最受关注的网络类之一。本文关注果园网络以及树-子网络的生成这一组合与算法问题。为此,我们利用这类网络定义为可通过逆转某种约化过程恢复的网络。然后,我们展示如何对可应用于某网络的所有约化过程选择一种“最小”约化过程,从而得到一个网络唯一表示,该表示实际上可用整数对序列给出,其长度与网络的叶数和网状节点数相关。因此,网络的生成被归约为此类整数对序列的生成。我们的主要成果是针对所有最小序列的高效生成的递归方法,从而生成具有给定叶数和网状节点数的所有果园(或树-子)网络。本文所述算法的C语言实现及一些计算实验可从公共仓库 https://github.com/gerardet46/OrchardGenerator 下载。利用该实现,我们已计算出至多6个叶和8个网状节点的果园网络数目。
引用
@article{arxiv.2307.16252,
title = {Generation of orchard and tree-child networks},
author = {Gabriel Cardona and Gerard Ribas and Joan Carles Pons},
journal= {arXiv preprint arXiv:2307.16252},
year = {2023}
}
备注
13 pages, 4 figures