半向果园系统发育网络的 $\mu$-距离
组合数学
2026-05-08 v1 种群与进化
摘要
在进化生物学中，当历史包含诸如杂交、基因流和群体间混合等网状演化事件时，系统发育网络被广泛用于表示物种与群体之间的历史关系。当某些边的方向和根的位置无法从数据中识别时，半向系统发育网络是合适的模型。比较半向网络在许多应用中都很重要。对于有根网络和有向网络，-表示最初被引入以区分树子网络，此后沿两个不同方向进行了扩展：通过添加一个计算到网状节点路径数的额外分量，扩展到更大的果园有向网络类；以及通过基于边的变体，扩展到半向网络。然而，后者并未提供半向网络与果园网络之间的距离。我们在此引入一种新的基于边的 -表示，能够区分不同的果园二元半向网络。对于该网络类，我们提供了一种重构算法，从而获得了一个可在多项式时间内计算的真实距离。
引用
@article{arxiv.2605.06243,
title = {A $\mu$-distance for semidirected orchard phylogenetic networks},
author = {Gerard Ribas and Joan Carles Pons and Cécile Ané},
journal= {arXiv preprint arXiv:2605.06243},
year = {2026}
}