探索半有向系统发育网络的空间
组合数学
2023-01-27 v1 种群与进化
摘要
半有向系统发育网络近年来作为一类介于有根（有向）与无根（无向）系统发育网络之间的网络而出现，因其同时包含有向与无向边。尽管有根系统发育网络与无根系统发育网络的空间已在近年得到分析，且引入了多种重排移动以遍历这些空间，但相关结果并不能直接推广至半有向系统发育网络。在此，我们提出一种针对半有向系统发育网络的简单重排移动，称为割边转移（CET），并证明具有恰好 个网状结构的半有向 level- 网络空间在 CET 下是连通的。该 level- 空间目前是大多数重建半有向系统发育网络的算法所主要使用的搜索空间。因此，任意两个具有固定网状结构数与叶集的半有向 level- 网络可通过一系列 CET 相互到达。通过引入两种允许增加或删除网状结构的额外移动 CET 与 CET，我们进而建立了固定叶集上所有半有向系统发育网络空间的连通性。作为半有向系统发育网络结果的副产品，我们还证明了当转换至有根设定时，具有固定网状结构数与叶集的有根 level- 网络空间在 CET 下是连通的。
引用
@article{arxiv.2301.10818,
title = {Exploring spaces of semi-directed phylogenetic networks},
author = {Simone Linz and Kristina Wicke},
journal= {arXiv preprint arXiv:2301.10818},
year = {2023}
}