无根系统发育网络的有向化
数据结构与算法
2023-10-02 v4 组合数学
种群与进化
摘要
本文研究无向（无根）与有向（有根）系统发育网络之间的关系。我们描述了一种多项式时间算法，用于判定一个给定根节点与网状顶点位置的无向非二元系统发育网络能否被定向为一个有向非二元系统发育网络。此外，我们刻画了此种定向可行的条件，并证明在此类情形下，所得的有向非二元系统发育网络是唯一的。另外，在不给定根节点与网状顶点位置的情况下，我们描述了一种算法，用于判定一个无向二元系统发育网络 能否被定向为某一类有向二元系统发育网络。当参数取为 的层级（level）时，该算法是固定参数可处理（FPT）的，并且适用于满足特定条件的有向系统发育网络类。作为一个例子，我们证明了被广泛研究的二元树子网络（binary tree-child networks）类满足这些条件。
引用
@article{arxiv.1906.07430,
title = {Orienting undirected phylogenetic networks},
author = {Katharina T. Huber and Leo van Iersel and Remie Janssen and Mark Jones and Vincent Moulton and Yukihiro Murakami and Charles Semple},
journal= {arXiv preprint arXiv:1906.07430},
year = {2023}
}
备注
contains an appendix with additional results not presented in the journal version