关于子网剪接距离

系统发育网络是表示物种间进化关系的根向有向无环图，这些物种的过去包含如杂交与水平基因转移之类的网状事件。为搜索系统发育网络空间，近来流行的树重排操作根子树剪接（rSPR）被推广到系统发育网络。这一新操作——称为子网剪接（SNPR）——在所有系统发育网络的空间以及若干广泛使用的网络类上诱导出一个度量。本文研究在计算 SNPR 距离背景下出现的若干问题。对于系统发育树 $T$ 与系统发育网络 $N$，我们展示了如何通过考虑嵌入于 $N$ 中的树集合来计算该距离，并由此结果用一致森林刻画 $T$ 与 $N$ 之间的 SNPR 距离。此外，我们分析了两个系统发育网络 $N$ 与 $N'$ 之间最短 SNPR 序列的性质，并回答了树子、网状可见或基于树这三类网络中的任何一类在 SNPR 下是否等距嵌入于所有系统发育网络类的问题。