利用尾部移动探索有根系统发育网络空间的层级
组合数学
2021-01-01 v1 离散数学
摘要
探索有根系统发育树空间的流行方法使用诸如 rNNI（有根最近邻交换）和 rSPR（有根子树修剪与重接）等重排移动。最近，这些移动被推广到有根系统发育网络，这是一种更适合表示网状进化历史的结构，并且证明了任何两个具有相同复杂度的有根系统发育网络都可以通过一系列 rSPR 或 rNNI 移动相连。在此，我们证明仅使用尾部移动即可实现这一点，尾部移动是网络上 rSPR 移动的受限版本，与树上的 rSPR 移动更为密切相关。即使限制在 distance-1 尾部移动（尾部移动的局部化版本）时，连通性依然成立。此外，我们给出了将一个网络转变为另一个网络所需的（distance-1）尾部移动数量的界限，这反过来为 rSPR、rNNI 和 SPR（即 rSPR 在无根网络上的等价操作）提供了新界限。上界是构造性的，意味着对于任意一对网络，我们实际上都能找到一个至多具有该长度的序列。最后，我们证明寻找最短尾部或 rSPR 移动序列是 NP 困难的。
引用
@article{arxiv.1708.07656,
title = {Exploring the tiers of rooted phylogenetic network space using tail moves},
author = {Remie Janssen and Mark Jones and Péter L. Erdős and Leo van Iersel and Celine Scornavacca},
journal= {arXiv preprint arXiv:1708.07656},
year = {2021}
}
备注
34 pages, 22 figures