无根系统发育网络的agreement距离
组合数学
2023-06-22 v4 离散数学
种群与进化
摘要
重排操作对系统发育网络进行小的图论改变，将其转换为另一个网络。对于无根系统发育树和网络，流行的重排操作是树二分与重连（TBR）和剪枝与重接（PR）（在树上称为子树剪枝与重接（SPR））。这些操作中的每一个都在系统发育树和网络的集合上诱导出一个度量。两个无根系统发育树 和 之间的TBR距离可以通过一个最大agreement森林来表征，即一个以某种方式覆盖 和 的、具有最少组件数的森林。这种表征促进了固定参数可解算法和近似算法的发展。在此，我们引入最大agreement图作为系统发育网络最大agreement森林的推广。虽然agreement距离——由最大agreement图诱导的度量——不能表征两个网络的TBR距离，但我们证明它仍然为TBR距离提供了常数因子界限。我们在最大端点agreement图方面为PR找到了类似的结果。
引用
@article{arxiv.1908.08183,
title = {The agreement distance of unrooted phylogenetic networks},
author = {Jonathan Klawitter},
journal= {arXiv preprint arXiv:1908.08183},
year = {2023}
}
备注
23 pages, 13 figures, final journal version