通过图中的割刻画无根树的相容性与一致性
离散数学
2013-08-02 v1 计算工程、金融与科学
定量方法
摘要
判定是否存在一棵单一树（超树）来概括一组无根树中的进化信息，是系统发育学中的一个基本问题。我们考虑该问题的两个版本：一致性与相容性。在第一种情况中，超树必须精确反映输入树所展示的物种间关系；在第二种情况中，超树可以比输入树更精细。树的相容性可以根据称为展示图（display graph）的结构中是否存在特定类型的三角剖分来刻画。或者，它也可以被刻画为称为边标号交集图（edge label intersection graph）结构中的弦图夹心问题。在此，我们证明后一种刻画方式导出了基于展示图中最小割的相容性自然刻画，这与分裂的相容性密切相关。随后，我们推导了一致性的刻画。
引用
@article{arxiv.1307.7828,
title = {Characterizing Compatibility and Agreement of Unrooted Trees via Cuts in Graphs},
author = {Sudheer Vakati and David Fernández-Baca},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.7828},
year = {2013}
}
备注
Peer-reviewed and presented as part of the 13th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI2013)