通过唯一可表示弦图刻画唯一完美系统发育
离散数学
2013-05-09 v2 计算工程、金融与科学
组合数学
定量方法
摘要
完美系统发育问题是计算生物学中的一个经典问题，旨在寻找与一组定性特征相容的无根系统发育树。当且仅当与特征集相关联的交集图（称为划分交集图）可以使用一组受限的填充边进行三角剖分时，这样的树才存在。Semple 和 Steel 利用划分交集图刻画了特征集何时具有唯一完美系统发育。Bordewich、Huber 和 Semple 展示了如何利用划分交集图寻找最大相容特征集。在本文中，我们基于这些结果，刻画了部分特征子集何时存在唯一完美系统发育。我们的刻画是用划分交集图的最小三角剖分来表述的，这些三角剖分是唯一可表示的，也称为 ur-弦图 (ur-chordal graphs)。我们的刻画动机源于 ur-弦图的结构，以及最小三角剖分的块结构在已被三角剖分的图中得到镜像反映这一事实。
引用
@article{arxiv.1305.1375,
title = {Unique Perfect Phylogeny Characterizations via Uniquely Representable Chordal Graphs},
author = {Rob Gysel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1305.1375},
year = {2013}
}