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有根系统发生网络的吻合距离

组合数学 2023-06-22 v5 离散数学 种群与进化

摘要

将一棵系统发生树变换为另一棵系统发生树所需的最少有根子树剪接与重接(rSPR)操作数在系统发生树上诱导出一个度量——rSPR距离。两棵系统发生树 TTTT' 之间的 rSPR 距离可由最大吻合森林刻画;即一个以最少连通分支数覆盖 TTTT' 的森林。rSPR 操作近来已被推广到系统发生网络,其中包括子网络剪接与重接(SNPR)操作。在此,我们引入最大吻合图作为两个系统发生网络差异的显式表示,从而推广了最大吻合森林。我们证明最大吻合图在系统发生网络上诱导出一个度量——吻合距离。尽管该度量不能刻画由 SNPR 及其他 rSPR 推广操作所诱导的距离,我们证明它仍以常数因子界定这些距离。

关键词

引用

@article{arxiv.1806.05800,
  title  = {The agreement distance of rooted phylogenetic networks},
  author = {Jonathan Klawitter},
  journal= {arXiv preprint arXiv:1806.05800},
  year   = {2023}
}

备注

24 pages, 16 figures