包含替换转移的基因组树调和是NP难的且为FPT
数据结构与算法
2019-02-25 v1 种群与进化
摘要
系统发育树阐明了基因和物种的进化历史。在大多数情况下，尽管基因与其所属物种共同进化，但由于基因水平上的进化事件（如重复或转移）的存在，物种树与基因树并不相同。这些差异由系统发育调和处理，其形式上是基因树节点与物种树节点及分支之间的映射。我们研究了带有替换现有基因的基因转移的调和模型，这是一种生物学上重要但从未被纳入调和模型的事件。此外，该问题接近于经典子树剪接与重接(SPR)距离问题的定时(dated)版本，其中被剪下的子树必须仅重接到更靠近根的分支上。我们证明了包含转移和替换的调和问题是NP难的，并且如果物种形成和带替换的转移是唯一允许的进化事件，则相对于调和的权重它是固定参数可处理(FPT)的。我们证明了这些结果可推广到定时SPR问题。
引用
@article{arxiv.1709.04459,
title = {Gene tree reconciliation including transfers with replacement is hard and FPT},
author = {Damir Hasic and Eric Tannier},
journal= {arXiv preprint arXiv:1709.04459},
year = {2019}
}
备注
34 pages, 11 figures. J Comb Optim (2019)