从事件标记基因树到物种树
离散数学
2017-05-12 v1 种群与进化
摘要
背景：树调和问题在系统发育学中已被长期研究。针对基因树 T 与物种树 S 的调和问题的一个特定变体假设，对于 T 的每个内部顶点 x，已知 x 代表的是物种形成还是复制。该问题出现在分析直系同源数据的背景下。结果：我们证明 S 是 T 的物种树，当且仅当 S 展示了 T 的所有以三个不同物种为叶子且根植于物种形成顶点的有根三元组。随后可以在多项式时间内找到有效的调和映射。模拟数据显示，即使存在很大比例的丢失，事件标记基因树仍传递了关于潜在物种树的大量信息。结论：基因树中事件标签的知识强烈约束了可能的物种树，并且对于给定的物种树，也约束了可能的调和映射。然而，在可行解空间中仍存在许多自由度。为了消除备选解的歧义，可以采用额外的外部约束以及优化准则。
引用
@article{arxiv.1705.04190,
title = {From event labeled gene trees to species trees},
author = {Maribel Hernandez-Rosales and Marc Hellmuth and Nicolas Wieseke and Katharina T. Huber and Vincent Moulton and Peter F. Stadler},
journal= {arXiv preprint arXiv:1705.04190},
year = {2017}
}
备注
arXiv admin note: text overlap with arXiv:1701.07689