事件标记基因树与MUL树及物种网络的调和
组合数学
2019-05-09 v2
摘要
系统基因组学通常旨在从基因组序列信息构建进化树。解决该问题的一种途径是先估计事件标记基因树（即非叶顶点被标记为物种形成或基因复制事件的 rooted 树），然后寻找可通过树间\emph{调和映射}与该树调和的物种树。然而在实践中，可能不存在从给定事件标记树到\emph{任何}物种树的此类映射。可能出现这种情况的一个重要情形是物种进化更宜用\emph{网络}而非树来表示。因此，本文考虑事件标记树与物种网络调和的问题。特别地，我们证明任何事件标记基因树都可与该网络调和，并且在基因树某些温和假设下，该网络甚至可假定为多弧自由。为证明此结果，我们表明总可将基因树与某多标记（MUL-）树调和，该树随后可“折叠”以产生所需的调和与网络。此外，我们研究了从事件标记基因树到MUL树及网络的调和映射之间的相互作用。我们的结果有助于理解基因组在经历多倍体等复杂进化事件后的演化。
引用
@article{arxiv.1812.09002,
title = {Reconciling Event-Labeled Gene Trees with MUL-trees and Species Networks},
author = {Marc Hellmuth and Katharina T. Huber and Vincent Moulton},
journal= {arXiv preprint arXiv:1812.09002},
year = {2019}
}