从基因树推断物种树的公理化机遇与障碍
种群与进化
2014-05-27 v1
摘要
从大量相互冲突的基因树中重构一个具有中心趋势的“物种树”是系统生物学的核心问题。此外，当分类单元覆盖不完整（即并非所有分类单元都出现在每个基因树中）时，该问题变得尤为棘手。在此，我们列出了从基因树估计物种树的方法可能具备的四个看似理想的性质（其中最强的性质指出：先从输入基因树构建物种树再修剪叶节点，所得到的树与先从输入树中移除分类单元再构建物种树所得到的树相同或分辨率更高）。我们表明，虽然在分类单元覆盖完全的情况下技术上可以同时满足这些性质，但在更一般的超树（supertree）设定下却无法同时满足所有性质。在第二部分中，我们讨论了一种基于 Baum 的“多数类群（plurality clusters）”的一致性共识方法，以及其向一致性超树的扩展。
引用
@article{arxiv.1405.6258,
title = {Axiomatic opportunities and obstacles for inferring a species tree from gene trees},
author = {Mike Steel and Joel D. Velasco},
journal= {arXiv preprint arXiv:1405.6258},
year = {2014}
}
备注
19 pages, 2 figures