基于比对串联的似然法树重建可能产生正向误导
种群与进化
2021-12-07 v1 计算工程、金融与科学
概率论
统计理论
统计理论
摘要
从基因组数据重建物种树面临双重障碍。首先，描述每个基因进化的（基因）树可能与物种树不同，例如由于不完全谱系分选。其次，每个基因树叶子处的比对遗传序列仅提供基因树拓扑结构的不完美估计。在本注记中，我们形式化地证明，如果试图避免考虑这两个过程而直接通过串联方法分析遗传数据，会出现一个基本的统计问题。更确切地说，我们表明，在多物种溯祖模型和标准位点替换模型下，对跨基因串联的序列数据进行最大似然估计，并错误地假设所有位点在一棵固定树上独立同分布进化，所得到的物种树估计量在统计上是不一致的。我们的结果为 Kubatko 和 Degnan (2007) 等人描述的模拟结果提供了形式化证明，并补充了 DeGorgio 和 Degnan (2010) 以及 Chifman 和 Kubtako (2014) 最近的理论结果。
引用
@article{arxiv.1409.2051,
title = {Likelihood-based tree reconstruction on a concatenation of alignments can be positively misleading},
author = {Sebastien Roch and Mike Steel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1409.2051},
year = {2021}
}
备注
16 pages, 2 figures