从基因树到物种树 II：深溯祖模型中的物种树推断
种群与进化
2010-03-08 v1 定量方法
摘要
当从不同物种中采样基因拷贝时，所得基因树可能与包含该基因树的物种树不一致。基因树与物种树不一致的主要原因包括谱系分选、水平基因转移以及基因复制与丢失。这些事件各自为从基因树推断（包含的）物种树提供了不同的简约性准则。对于谱系分选，物种树推断是寻找最小化沿物种谱系必须共存的额外基因谱系数的树；对于基因复制，则变为寻找最小化基因复制和/或丢失数的树。在本文中，我们展示了以下结果：(i) 在唯一叶标记基因树与物种树的协调中，深溯祖代价等于基因丢失数减去两倍的基因复制代价。对于任意基因树和物种树，深溯祖代价可在线性时间内计算。(ii) 在任意基因树与物种树的协调中，深溯祖代价始终不小于基因复制代价。(iii) 通过最小化深溯祖进行物种树推断是NP难的。
引用
@article{arxiv.1003.1204,
title = {From gene trees to species trees II: Species tree inference in the deep coalescence model},
author = {Louxin Zhang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1003.1204},
year = {2010}
}
备注
17 pages 6 figures