物种树与基因树不一致对系统发育多样性保护的影响

系统发育多样性指数（如公平比例（FP）指数）常被作为生物多样性保护中的优先排序标准。它们根据每个物种对总体多样性的贡献进行排序，考虑了该物种在底层系统发育树中位置所指示的独特和共享进化历史。传统上，系统发育树由单基因推断，所得基因树被假定为物种树（即所考虑物种的“真实”进化历史）的有效估计。然而，如今对成百上千个基因进行全基因组测序已很常见，且基因组中不同基因常存在冲突的谱系历史，导致单个基因树与物种树之间出现不一致。在此，我们分析基因树与物种树不一致对基于 FP 指数的优先排序决策的影响。具体而言，我们考虑由以下两者诱导的分类单元排序：（i）物种树上的 FP 指数，以及（ii）与物种树相关的所有基因树历史上 FP 指数的期望。一方面，我们证明对于特定树形，两种排序总是一致。另一方面，我们证明对于所有叶数大于或等于五的情况，存在两种排序不同的物种树。最后，我们以一个经验性多位点哺乳动物数据集为例，说明了从不同基因树和物种树估计中获得的 FP 指数排序的变异性。