系统发育网络上的系统发育多样性与生物多样性指数
种群与进化
2018-02-07 v3 组合数学
概率论
摘要
在生物多样性保护中，通常需要对优先保护的物种进行排序。现有的优先排序方法（例如公平比例指数和 Shapley 值）基于系统发育树，并根据物种对整体系统发育多样性的贡献对其进行排序。然而，在许多情况下演化并非树状结构，因此系统发育网络作为系统发育树的推广而出现，允许表示非树状演化事件，如水平基因转移或杂交。在此，我们将系统发育多样性和系统发育多样性指数的概念从系统发育树扩展到系统发育网络。一方面，我们考虑系统发育网络的树状内容，例如网络显示的系统发育树（多）重集及其关联的 LSA 树。另一方面，我们直接从网络的内部结构导出分类群子集的系统发育多样性和生物多样性指数。此外，我们介绍了我们的软件包 NetDiversity，该软件包用 Perl 实现，允许计算本说明中建立的所有不依赖于遗传概率的广义系统发育多样性测度和广义系统发育多样性指数。我们将我们的方法应用于表示剑尾鱼和月光鱼（Xiphophorus: Poeciliidae）之间演化关系的系统发育网络，这是一类以广泛杂交为特征的物种。
引用
@article{arxiv.1706.05279,
title = {Phylogenetic diversity and biodiversity indices on phylogenetic networks},
author = {Kristina Wicke and Mareike Fischer},
journal= {arXiv preprint arXiv:1706.05279},
year = {2018}
}